Sob a liderança de nomes como Ana Maria Giulietti-Harley, idealizadora do programa, e outros coordenadores visionários, o PPGBot se consolidou como um centro de referência em pesquisa e ensino na área. Ao longo de sua trajetória, passaram pela coordenação do programa os seguintes docentes:
| PERÍODO | COORDENADOR (A) | VICE-COORDENADOR (A) |
| 2025-2028 | Francisco de Assis Ribeiro dos Santos | Abel Augusto Conceição |
| 2023-2025 | Carlos Wallace do Nascimento Moura | Reyjane Patrícia de Oliveira |
| 2020-2023 | Luís Fernando Pascholati Gusmão | Luciano Paganucci de Queiroz |
| 2017-2020 | Reyjane Patrícia de Oliveira | Daniela Santos Carneiro Torres |
| 2014-2017 | Reyjane Patrícia de Oliveira | Luís Fernando Pascholati Gusmão |
| 2012-2014 | Ligia Silveira Funch | Luís Fernando Pascholati Gusmão |
| 2010-2012 | Luís Fernando Pascholati Gusmão | Ligia Silveira Funch |
| 2008-2010 | Luciano Paganucci de Queiroz | Luís Fernando Pascholati Gusmão |
| 2006-2008 | Luciano Paganucci de Queiroz | Cássio van den Berg |
| 2004-2006 | Francisco de Assis Ribeiro dos Santos | Caio Graco Machado Santos |
| 2002-2004* | Ana Maria Giulietti *Francisco de Assis Ribeiro dos Santos – Pró-Tempore | Luciano Paganucci de Queiroz – Substituição |
| 2000-2002 | Ana Maria Giulietti | Francisco de Assis Ribeiro dos Santos |
