Compreende estudos de taxonomia, filogenia e biogeografia em grupos historicamente classificados como criptógamas, incluindo fungos, algas, briófitas e pteridófitas. A ênfase é dada à região Nordeste do Brasil. Além disso, também são conduzidos estudos sobre a diversidade em habitats terrestres e aquáticos, abrangendo ambientes dulcícolas e marinhos.
Essa linha de pesquisa engloba dois projetos:
Estudos florísticos, taxonômicos e filogenéticos em algas e embriófitas criptogâmicas
Catalogação e caracterização de algas e cianobactérias, briófitas e pteridófitas presentes em diversos ecossistemas do Brasil, por meio de estudos integrativos que reúnem dados de morfologia, anatomia, fisiologia, ecologia e biologia molecular. Estudos de delimitação de espécies, identificação de amostras e compreensão da história evolutiva dos grupos, assim como o papel desses organismos no ambiente, suas interações, potenciais usos e aplicações, e padrões de distribuição geográfica. Tais informações são fundamentais para responder questões ecológicas e elaborar estratégias de conservação, especialmente para espécies raras, endêmicas e ameaçadas.
Docentes associados: Carlos Wallace do Nascimento Moura (responsável pelo projeto) e Emília de Brito Valente ambos da UEFS, Taiara Aguiar Caires (UFBA/UESB), Rafael de Paiva Farias (UFBA).

Estudos florísticos, taxonômicos e filogenéticos em fungos
Estudos em Dikarya, sub-reino de Fungi que inclui os filos Ascomycota e Basidiomycota. Envolve inventários de espécies, catalogação e documentação dos tipos de fungos encontrados em diferentes ecossistemas. Análises de aspectos ecológicos, como o papel desses fungos na decomposição de matéria orgânica e na interação com outras espécies. Também inclui estudos taxonômicos concentrados na identificação e classificação das espécies, e sistemática filogenética, que busca entender as relações evolutivas entre os diferentes grupos de fungos dentro de Dikarya. Esses estudos são cruciais para compreender a biodiversidade fúngica, suas funções ecológicas e como esses organismos evoluíram ao longo do tempo.
Docentes associados: Luís Fernando Pascholati Gusmão (responsável pelo projeto) da UEFS e Diogo Henrique da Costa Rezende (UEFS/UFC).