Os principais espaços do PPGBOT estão localizados no prédio Laboratórios de Pesquisa do Departamento de Ciências Biológicas (LABIO), no campus da Universidade Estadual de Feira de Santana. O Departamento de Ciências Biológicas (DCBio) possui laboratórios de pesquisa que dispõem de infraestrutura básica para o desenvolvimento de seus projetos e que dão suporte às atividades do PPGBot. Outros laboratórios, apesar de não estarem relacionados diretamente com as atividade do Programa, possibilitam o desenvolvimento de alguns projetos que tem interface com a Botânica.
