Aborda estudos florísticos em áreas da região Nordeste e de taxonomia e filogenia de grupos de Angiospermas, com ênfase em grupos nativos da flora do Brasil. Também são realizados estudos de aplicação de filogenias moleculares na interpretação de padrões e processos biogeográficos associados a grupos e biomas, com destaque para Caatinga, Florestas, Cerrado e Campos Rupestres.
A linha conta com os seguintes projetos:
Estudos taxonômicos, filogenéticos e biogeográficos em monocotiledôneas
Desenvolvimento de estudos filogenéticos, taxonômicos e biossistemáticos em famílias de Monocots floristicamente importantes na Flora do Brasil, a exemplo de Poaceae, Orchidaceae, Eriocaulaceae, Bromeliaceae, Araceae e Arecaceae, entre outras, com ênfase nos grupos nativos da região Nordeste, ocorrentes em diferentes fitofisionomias dos domínios Caatinga, Cerrado e Mata Atlântica. Estudos de taxonomia integrativa são aplicados especialmente em complexos de espécies, usando dados macro e micromorfológicos, moleculares (sequenciamento tradicional ou NGS), ecológicos e biogeográficos.
Docentes associados: Reyjane Patrícia de Oliveira (responsável pelo projeto), Ana Maria Giulietti Harley (pesq. aposentada), Cássio van den Berg, Ligia Silveira Funch, Marcos da Costa Dórea, (UEFS), Alessandra Selbach Schnadelbach, Anderson Geyson Araújo Amorim (UFBA) e Patrícia Luz Ribeiro (UFRB).

Estudos taxonômicos, filogenéticos e biogeográficos em dicotiledôneas
Caracterização da diversidade das “Dicotiledôneas” (incluindo as Angiospermas basais e o clado Eudicotyledoneae) por meio de abordagens taxonômicas integrativas, que combinam dados morfológicos, moleculares e ecológicos. Para os estudos filogenéticos, são empregados métodos modernos, utilizando sequências de DNA obtidas por sequenciamento Sanger e/ou por técnicas genômicas de última geração. São aplicadas abordagens contemporâneas em biogeografia, que investigam as causas ecológicas e históricas da distribuição espacial dos grupos. Busca pelo conhecimento sobre a flora do Nordeste, com importantes implicações para a conservação da biodiversidade regional.
Docentes associados: Luciano Paganucci de Queiroz (responsável pelo projeto), Ana Maria Giulietti Harley (pesq. aposentada), Cássio van den Berg, Daniela Santos Carneiro Torres, Francisco de Assis Ribeiro dos Santos, Ligia Silveira Funch, Lamarck do Nascimento Galdino da Rocha, Marcos da Costa Dórea, Reyjane Patrícia de Oliveira e Tânia Regina dos Santos Silva (UEFS) e Alessandra Selbach Schnadelbach, Anderson Geyson Araújo Amorim (UFBA), Patrícia Luz Ribeiro (UFRB), Juliana Gastaldello Rando (UFOB), Guilherme De Medeiros Antar (UFES) e Benoit Francis Patrice Loeuille (KEW).
Flora da Bahia
Este projeto tem natureza multi-institucional, visando monografar famílias e gêneros de fanerógamas do estado Bahia, incluindo não apenas a UEFS, mas também UFBA, UNEB, UESC, UESB, CEPEC, IBGE, EBDA. Iniciado em 1997, o projeto foi encampado pelo PPGBOT, já que se encaixa com perfeição nos objetivos do curso, incluindo atividades de coleta de amostras e formação dos discentes na área de taxonomia, através da preparação das revisões taxonômicas.
Docentes associados: Ana Maria Giulietti Harley (pesq. Aposentada, responsável pelo projeto), Alessandro Rapini, Cássio van den Berg, Daniela Santos Carneiro Torres, Lamarck do Nascimento Galdino da Rocha, Ligia Silveira Funch, Luciano Paganucci de Queiroz, Reyjane Patrícia de Oliveira e Tânia Regina dos Santos Silva (UEFS), Anderson Geyson Araújo Amorim e Rafael de Paiva Farias (UFBA), Juliana Gastaldello Rando (UFOB), Guilherme De Medeiros Antar (UFES) e Benoit Francis Patrice Loeuille (KEW).
Flora de ecossistemas do semiárido do Nordeste
Continuidade aos esforços multiinstitucionais coordenados pela UEFS no âmbito de Programas de Longa Duração, como o Programa de Pesquisas em Biodiversidade (PPBIO-Semiárido). Combina abordagens tradicionais, como levantamentos florísticos e revisões taxonômicas, com técnicas inovadoras em filogenia e modelagem de nicho. Seu principal objetivo é investigar a flora dos ecossistemas mais importantes, singulares e ameaçados da Caatinga, desde florestas sazonalmente secas na depressão sertaneja até campos rupestres nos enclaves montanhosos da Chapada Diamantina. Envolve identificação de espécies que ocorrem no Semiárido; Aspectos sobre morfologia, distribuição, preferências ecológicas e estado de conservação; Compreensão sobre processos históricos que moldaram a flora da região; Indicação de áreas com maior riqueza de espécies e maiores diversidades filogenética e funcional. Fornecerem dados essenciais para subsidiar políticas públicas voltadas à preservação da biodiversidade.
Docentes associados: Alessandro Rapini (responsável pelo projeto), Ana Maria Giulietti Harley (pesq. aposentada), Cássio van den Berg, Daniela Santos Carneiro Torres, Lamarck do Nascimento Galdino da Rocha, Ligia Silveira Funch, Luciano Paganucci de Queiroz, Reyjane Patrícia de Oliveira (UEFS), Pedro Manuel Villa (UFJF), Juliana Gastaldello Rando (UFOB), Guilherme De Medeiros Antar (UFES) e Benoit Francis Patrice Loeuille (KEW).
Sistemática macromolecular de angiospermas
Engloba estudos que utilizam dados genômicos (sequências de regiões específicas de DNA, fragmentos, e sequenciamento genômico) para reconstruir a história evolutiva, auxiliar na delimitação de espécies e identificar amostras. No nível supra-específico, engloba o estudo das relações filogenéticas entre espécies de angiospermas com dados genômicos. No nível abaixo de espécie, engloba métodos de genômica populacional como ferramentas para delimitação de espécies, hibridação e introgressão. Na interface entre as duas áreas, busca a seleção e uso de marcadores que possam permitir a identificação até o nível de espécie utilizando marcadores de DNA.
Docentes associados: Cássio van den Berg (responsável pelo projeto), Alessandro Rapini, Daniela Santos Carneiro Torres, Lamarck do Nascimento Galdino da Rocha, Ligia Silveira Funch, Luciano Paganucci de Queiroz, Reyjane Patrícia de Oliveira e Tânia Regina dos Santos Silva (UEFS), Alessandra Selbach Schnadelbach, Anderson Geyson Araújo Amorim (UFBA), Patrícia Luz Ribeiro (UFRB), Juliana Gastaldello Rando (UFOB), Guilherme De Medeiros Antar (UFES) e Benoit Francis Patrice Loeuille (KEW).